تدور قصة الفيلم حول الأصدقاء الأربعة الذين يعيشون حياة مترفة سهلة في حديقة الحيوان إلى أن يفكر (مارتي) في تجربة الحياة في البرية ويحاول الهرب ثم يتم شحنهم بالخطأ وتفلت الصناديق التي تحملهم في البحر ويستقرون على جزيرة مدغشقر، حيث مملكة قرود ال ليمور التي تعيش في تهديد مستمر من حيوانات الفوسا التي تقتل منهم أعداداً كبيرة.
وهناك يكتشف الأسد (أليكس)طبيعته المفترسة على خلاف أصدقائه الأخرىن ويصدم لذلك، إلا أنه يستطيع أن يتغلب على طبيعته المفترسة وينقذ أصدقائه الثلاثة وبقية مملكة قرود الليمور من الحيوانات المفترسة التي تهددهم.
في نفس الوقت تستطيع البطاريق الاستيلاء على الباخرة التي أقلتهم جميعا ويأتون أيضاَ إلى جزيرة مدغشقر بعد أن وجدوا أن القطب الجنوبي من الصعب العيش فيه بالنسبة لهم، فيأتون إلى هذه الجزيرة الدافئة المشمسة. وهنا تأتي النجدة للأصدقاء الأربعة فيقررون العودة إلى نيويورك مرة أخرى، إلا أنه تحدث مفاجأة في نهاية الفيلم، حين يصعدون على متن السفينة فيجدونها بدون وقود !