يصل إشعار من كايتو كيد إلى مستودع أونوي زايباتسو في مدينة هاكوداتي بمحافظة هوكايدو. هذه المرة، يهدف كيد إلى الحصول على سيف ياباني يُقال إنه مرتبط بتوشيزو هيجيكاتا، نائب قائد الشينسينغومي، الذي عاش في نهاية فترة إيدو. كيد الذي لطالما اهتم بالجواهر الكبيرة، يستهدف الآن هذا السيف. في هذه الأثناء، قام هيجي هاتوري، المحقق الرائع من الغرب، وكونان، أيضًا بزيارة الموقع لإقامة بطولة كندو التي ستقام في هاكوداتي. في يوم إعلان السرقة، يكتشف هيجي تمويه كيد ويطارده.